（一）综合股。负责联系协调上级党委、政府及其各部门和镇（街道）党（工）委、人民政府（办事处）及其各部门工作；负责按规定管理和使用市政府、市政府办公室的印章；负责全市政府系统公文办理的业务指导、培训和考核工作；负责澄江市政府办公室电子政务平台的管理、使用，计算机和网络的安全维护和管理工作；负责市政府和市政府办公室各类文件（函）、文稿的登记、编号、印制、交换、收发、预处理、传阅、清退、销毁及文件档案立卷归档、保密和管理工作；负责市人民政府办公室保密工作；负责修订和完善市人民政府办公室工作制度和工作规范；负责市人民政府政务值班工作，及时接收、办理各类紧急重要事项和文电；及时报告重要情况，传达和督促落实市人民政府领导有关批示要求；指导、检查全市政府系统政务值班工作；负责值班人员后勤保障工作。
（二）秘书股。负责处理市政府领导的日常政务、事务工作；负责组织起草《政府工作报告》等市政府重要报告和市政府领导重要讲话稿；负责参与市政府全体会议、市政府常务会等各类会议，起草会议有关材料，撰写会议纪要，并编写政务信息；组织、协调和管理政府系统的全市性大型会议、活动；根据市政府领导指示，负责起草或修改市政府及市政府办公室各类文稿；负责对全市及国内外经济形势、公共政策进行分析与研究，对市政府重要工作、重大政策落实情况进行跟踪调研，收集、分析、整理和报送重要情况及信息，为市政府决策提供对策建议；指导全市政府系统的调查研究工作，办理相关请示、报告等公文；组织编写提供年鉴或有关专辑汇编的稿件、资料；负责涉及本股室业务范围内文电、市政府领导指示、批示办理工作。
（三）信息股。负责组织、指导、协调、监督、检查全市的政府信息公开（政务公开）、电子政务工作；负责发布市人民政府、市人民政府办公室须公开的政务信息；负责协调和处理市人民政府办公室有关政府信息与政务公开工作事宜；负责全市政府信息与政务公开平台的建设和管理；负责收集整理政情资料；负责编发信息刊物，做好信息上报工作；负责对镇街道、市直部门政务信息工作指导、培训和考核工作。
（四）行政后勤股。负责市人民政府办公室机关的人事、机构编制、工资福利工作；负责机关公务员的日常管理、 考录、调配、考核、任免、考察、推荐、奖惩及人事档案管理工作；负责办公室人才工作；负责离退休人员的管理和服务工作。负责市人民政府办公室的财务、 财物的计划管理和国有资产的监督管理工作；负责市人民政府办公室所属单位财务的监督、统筹、协调工作；负责市人民政府办公室机关公务用车的管理工作；负责办公用房的管理工作；负责市人民政府办公室办公设备、用品的采购及管理工作。
（五）政策法规股。负责市人民政府重大行政决策事项的合法性审核工作；负责市人民政府重要规范性文件和重要文稿的合法性审核工作；负责规范性文件的监督、管理工作；负责市人民政府法律顾问工作。负责组织协调、督促指导政府系统人大代表建议和政协委员提案的办理工作，承办交由市人民政府和市人民政府办公室办理的人大代表建议和政协委员提案。
（六）督查室。负责督促检查党中央、国务院、省委、 省政府、市委、市政府下达到澄江市的重要工作的办理落实情况；负责督促检查市人民政府领导重要批示的办理落实情况；按照市人民政府的工作任务和目标任务开展督查调研；负责督促检查市人民政府重大决策和 重要工作、重点项目的贯彻落实情况；负责《政府工作报告》重点工作任务督办；负责督办市人民政府重要会议决定事项和重要文件中需要督查的重大事项；围绕市人民政府的中心工作开展督查调研。
（七）外事办公室。负责统筹协调和管理全市政府外事工作，承担市委外事领导小组具体工作，配合有关部门在澄江的政府外事活动。

澄江市民宗局与中共澄江市委统战部合署办公，无内设机构，设局长1名，副局长2名。

市财政局设14个内设机构｡
（一）办公室
负责机关日常运转工作，承担工作分解、档案、保密、财务、资产管理、宣传、信访、政务服务、综治维稳工作；负责起草和修改有关综合性文字材料；参与财政政策研究和相关调研；负责机关和所属事业单位的人事管理和教育培训工作；承担机关和所属事业单位机构编制、机构设置、干部选拔、工资福利、人事工作；负责拟订组织实施教育培训计划工作；管理机关和所属事业单位的离退休人员管理服务工作；负责特岗人员的报备工作。负责机关和所属事业单位的党群工作。统一管理和协调推进全市财政信息化工作；负责拟订全市财政信息化发展规划并组织实施；负责市级财政信息系统、信息化基础设施建设和管理；负责信息系统的安全保密检查和管理工作；承担机关信息化运维和技术服务；承担财政信息化建设协调机制的统筹协调组织工作。
（二）预算股
拟订地方财政体制、预算管理制度；负责办理中央、省、市对我市的转移支付，制定市对镇（街道）的财政转移支付方案；汇总编制市级年度财政预算和决算草案；编制市级预算调整方案；组织编制全市部门预算，并根据人大批准意见组织预算批复工作；组织全市财政收支平衡；承担预算系统下达的专项转移支付资金管理工作；指导乡镇财政预算管理；组织本级政府预算公开及部门预算公开。
（三）国库股（加挂国库支付中心牌子）
负责实施预算的执行和分析预测工作。负责拟订并实施国库管理制度和国库集中收付制度；组织实施财政总预算会计及行政单位会计制度；管理市级国库资金，负责市级财政资金审核、拨付和市对乡镇财政性资金调度；组织实施政府非税收入国库集中收缴；管理市级财政资金专户，对市级预算单位银行账户实行审批和备案管理；负责市本级财政总会计核算，编审上报财政总决算和部门决算，组织编制权责发生制政府综合财务报告，并公开相关信息；组织实施预算执行动态监控；负责联系中国人民银行澄江市支行，协调财税库银横向联网工作，负责财政国库业务代理银行的管理。负责全市行政事业单位工资统一发放业务。
（四）农业农村股
承担农业农村、水利、扶贫、烟草等方面的部门预算和相关领域预算支出有关工作，提出相关财政政策建议。承担财政支持实施乡村振兴战略相关工作，统筹安排财政扶贫资金；提出有关农村综合改革政策措施建议。
（五）社会保障股
承担民政、卫生健康局、人力资源和社会保障、医疗保障、退役军人事务、老干、红十字、残联、计生协会等方面的部门预算管理工作，研究提出有关财政政策；负责编制社会保障预决算草案，审核全市社会保险基金预决算草案；负责社会保障专项资金的管理工作；负责管理市级财政社会保障资金（基金）和就业及医疗卫生支出，拟订有关资金（基金）财务管理制度并实施监管；管理市级行政事业单位离退休经费、医疗经费、残疾人就业保障金；承担社会保险基金财政监管工作；参与社会保障制度改革的研究和有关政策及管理制度的拟订工作。
（六）行政文教股
承担行政、政法等方面的部门预算管理工作，研究提出有关财政政策；审核提出下年度专项资金支出预算建议；拟订行政、政法和外事经费的财务管理制度；制定项目资金使用的财务管理办法；负责办理驻澄军队、武警部队有关经费事项；负责执法执勤用车编制管理。承担教育体育、科技、文化旅游等部门预算、决算工作，负责联系部门和单位的经费保障、专项资金管理和财务监管；研究提出财政支持教科文事业改革与发展的政策建议；拟订联系部门和单位的经费和项目资金使用的财务管理办法；参与研究拟订教育体育、科技、文化旅游等部门行业发展规划和有关政策、制度等。
（七）自然资源和生态环境股（加挂PPP管理中心牌子）
承担自然资源规划、生态环境、林业草原等方面的部门预算和相关领域预算支出有关工作，提出促进资源节约、土地整治、生态保护修复、污染防治等方面的财政政策建议。参与拟订自然资源和生态环境领域发展规划、政策等。
负责交通、住建、发展和改革等部门预算管理和财务会计管理工作；拟订基本建设财务管理实施细则，负责全市基本建设资金财务管理工作，指导镇（街道）做好基本建设资金财务管理工作；参与拟订市级基本建设投资相关政策，参与所联系部门和行业发展规划、发展政策的研究拟订；做好各级政府安排的项目专项资金使用的监督管理工作。贯彻政府和社会资本合作（PPP）有关制度，承担相关规范管理工作。
（八）产业发展和金融涉外股
承担全市商贸流通和工业产业发展方面的财政财务工作。负责联系部门和单位的经费保障和财务监管；参与所联系部门和单位行业发展规划和相关政策制度的研究拟订工作；参与粮食等重要商品物资市场调控；参与制定产业政策和行业发展规划，负责执行支持产业升级、促进中小企业发展的财政政策；组织实施国家经济安全战略，实施粮食安全的财政政策。
承担地方金融企业资产、财务监管方面的工作；负责审核管理地方金融企业经营绩效评价、产权登记监督检查、高管薪酬；负责中央专项借款管理；承担政策性融资担保体系建设；贯彻道路交通事故社会救助基金管理制度；承担有关国际金融组织贷款项目、外国政府贷款项目资金和财务管理工作；负责商务、投资促进部门预算审核及年度预算执行等财政财务管理工作；负责招商引资、对外财经合作与交流、外经贸及内贸发展方面专项资金管理工作，并拟订有关财务管理制度。
（九）综合事务股（加挂行政审批股牌子）
统筹负责财政改革、发展、规划相关工作，研究经济社会、财政工作中的重大问题。分析预测财政经济形势并提出宏观调控政策建议，编制财政发展规划，提出中长期财政规划建议。组织拟订政府购买服务管理办法。研究拟订涉及财政改革与发展的收入分配、事业单位改革方面的政策措施；管理住房改革和保障资金；监管彩票市场，管理彩票公益金资金；承担清理规范公务员津贴补贴和事业单位绩效工资核定有关工作。
负责条法税政工作。负责对局机关有关规范性文件及其他涉法文书进行合法性审查；负责局机关行政执法监督和依法行政评议考核工作；负责承办局机关受理的行政复议案件，协调配合本机关作为被申请人的行政复议工作和行政应诉工作；承担局机关规范性文件的清理、备案工作；组织开展财政普法工作；负责宣传贯彻国家税收政策；参与审核涉及税收政策的非专项税收规范性文件；调研税收法律、法规及政策的执行情况并提出政策建议；按照管理权限认定税收减免资格，对公益性捐赠税前扣除资格的认定提出初审意见或建议。
负责管理会计工作。拟订会计管理制度和办法并组织实施，监督和规范会计行为，指导和监督注册会计师和会计师事务所的业务。依法管理资产评估有关工作。
（十）债务股
拟订地方政府性债务风险防控管理规定，指导本级部门及镇（街道）地方政府性债务管理、举借、使用、偿还工作；负责地方政府债务管理、统计、报告等日常管理工作；编制地方政府债务收支预算。承担澄江市政府债务管理委员会办公室日常工作。
（十一）监督评价股
承担财税法规和政策执行情况、预算管理有关监督工作；承担监督检查会计信息质量、财经纪律执行、预算绩效监督管理有关工作；负责财政局内部控制管理；负责拟订财政预算绩效管理相关政策、制度、办法、规范；建立和完善预算绩效管理指标体系；组织实施部门整体绩效评价工作，提出绩效评价结果反馈和应用的工作建议；负责对绩效评价中介机构和专家参与绩效评价工作进行指导、管理和监督；组织指导市级和镇（街道）预算绩效管理工作。
（十二）政府采购管理股（加挂政府采购领导小组办公室牌子）
贯彻政府采购法律法规及配套政策，依法履行对政府采购活动的监督管理职责；拟订本市政府采购政策及相关制度、办法并监督实施；审核市级部门政府采购预算；审批市级政府采购相关事项，政府采购信息备案、统计并依法进行公开；受理、处理政府采购投诉事项；监督管理市级政府采购评审专家库的使用工作；监督考核市级政府集中采购机构和社会代理机构的政府采购活动。
（十三）金融服务监管股 
承担澄江市人民政府金融工作办公室日常工作。贯彻执行党和国家关于金融工作的方针政策和法律法规。组织拟订全市地方金融业发展规划和政策措施。拟订地方金融监管的规章制度。参与对地方国有金融资产的监管，会同有关金融管理部门指导地方金融业改革与创新，防范、化解和处置地方金融风险，协助有关部门打击和处置非法金融活动，促进地方金融业健康发展。引导金融机构支持和服务“三农”。负责全市多层次资本市场培育。承担企业上市指导、审核推荐及上市后相关工作。协调推进重大金融项目招商工作。
（十四）国有资产监督管理股
拟订市级行政事业单位资产管理办法并组织实施，监督市级行政事业单位国有资产管理，组织落实年度全市国有资产管理报告工作；负责国有资本经营预算的编制工作，会同有关方面编制国有资本经营预决算草案，组织编制企业财务会计报告；承担资产评估管理工作。
承担澄江市人民政府国有资产监督管理委员会日常工作。贯彻落实国家国有资产监督管理工作方针政策和法律法规，对国有资产保值增值进行监管，负责全市国有资产监督管理工作等。

玉溪市生态环境局澄江分局设5个内设机构：（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担文秘、机要、信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化等工作，承担全市生态环境信息网建设和管理工作。承担机关和所属单位财务、国有资产管理、内部审计、干部人事、机构编制、劳动工资等工作。负责全市生态环境行业人才队伍建设，承担生态环境保护系统领导干部管理有关工作，承担生态环境行政体制改革有关工作。组织协调生态环境系统业务培训工作，负责机关和所属单位的离退休人员管理服务等工作。负责机关和所属单位的党群、纪检监察及党风廉政建设工作。
（二）生态保护与法规宣教科。负责组织起草生态保护规划，开展全市生态状况评估。组织实施全市地方性生态环境政策、规划，协调和审核生态环境专项规划。组织实施全市生态环境地方性法规、政府规章。承担有关规范性文件的合法性审查，承担机关行政复议、行政应诉等工作，承担地方生态环境标准和技术规范管理工作。负责生态环境监督执法有关工作，负责生态环境保护综合行政执法统筹协调、监督指导，负责行政处罚、行政许可合法性审查。拟订并组织实施生态环境保护宣传教育纲要，组织开展生态文明建设、生态环境保护法律法规和环境友好型社会建设的宣传教育工作。承担新闻审核和发布工作，指导生态环境舆情收集、研判、应对工作。承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。负责指导、协调全市生态文明体制改革工作。指导全市开展生态示范创建，并对有关工作情况进行监督检查。承担澄江市委全面深化改革委员会生态文明体制改革专项小组办公室、澄江市生物多样性保护委员会办公室日常工作。
（三）水、大气、土壤生态环境科。负责全市地表水生态环境监管工作，拟订和监督实施重点流域生态环境规划，建立和组织实施跨界水体断面水质考核制度，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，指导入河排污口设置。负责全市大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理，组织开展大气环境质量改善目标落实情况考核工作，组织拟订全市重污染天气应对政策措施，组织协调大气面源污染防治工作。组织实施应对气候变化及温室气体减排规划和政策，综合分析气候变化对经济社会发展的影响，组织实施清洁发展机制工作。承担澄江市低碳节能减排及应对气候变化工作领导小组办公室日常工作。负责全市土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理，组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作。负责全市固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理。组织实施危险废物经营及出口、固体废物进口、有毒化学品进出口登记、新化学物质环境管理等环境管理制度。负责组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析，承担污染物排放总量控制综合协调和管理工作，拟订全市生态环境保护年度目标和考核计划。承担澄江市环境污染防治工作领导小组办公室日常工作。
（四）行政审批科(环境影响评价与排放管理科)。负责统筹协调局内行政审批事项，牵头制定有关工作规则，并组织实施。承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作，承担排污许可的综合协调和管理工作，拟订生态环境准入清单并组织实施。承担生态环境科技工作，参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展。负责核安全和辐射环境安全的监督管理工作。组织辐射环境监测，参与核与辐射事故应急工作。负责放射性废物处理和处置设施、核技术利用项目、铀(钍)矿和伴生放射性矿、电磁辐射装置和设施、放射性物质运输的核安全、辐射安全和辐射环境保护、放射性污染治理的监督管理。
（五）综合科。牵头承担生态环境领域固定资产投资工作，组织我局负责的项目管理有关工作。按照全市污染源自动监控系统建设规划，统一组织、协调全市污染源自动监控系统的建设、运行维护和监督管理工作。负责市污染源自动监控中心平台日常巡检工作。负责辖区内全部排污单位污染源自动监控设施运维日常监督检查工作。牵头对污染源自动监控设施定期进行例行检查，重点检查重点行业、重点区域及涉嫌不正常运行、使用污染源自动监控设施或者有弄虚作假等违法情况的排污单位。对检查发现的问题进行通报，督促限期整改。承担澄江市环境保护督察工作领导小组办公室日常工作，配合中央、省级、市级环境保护督察各项工作，组织抓好反馈意见问题整改落实

澄江市农业农村局下设5个内设机构，分别为：办公室（含政策法规和行政审批小组、计划财务小组），种植业管理股，畜牧兽医与渔业股，农业农村事业发展股，市委农办秘书股。同时设有10个业务支撑和实施机构，分别为：种植业综合服务管理中心、畜牧渔业服务管理中心、农业机械管理站、农业产业化经营与农产品加工领导小组办公室、农业综合开发办公室、农村社会事务发展中心、农业农村信息中心、农业综合行政执法大队、农村合作经济发展服务管理中心、农产品质量安全检测站。